Grundsätzlich halten sich beim Johanniskrautöl Nebenwirkungen eher in Grenzen. Am bekanntesten ist aber, dass es die Lichtempfindlichkeit herabsetzt. Personen, die Johanniskraut zu sich nehmen, könnten eher zu einem Sonnebrand neigen. Gleichzeitig hilft das Öl aber auch, wie erwähnt, bei Verbrennungen.
Problematisch ist, dass Johanniskraut die Wirkung mancher Medikamente hemmt, verstärkt oder sogar ganz blockiert. Betroffen sind insbesonders Frauen, die die Pille nehmen. Oder Menschen, die blutverdünnende Medikamente nehmen. Ebenso Patienten, die Krebs haben oder AIDS. Sogenannte Immunsuppressiva werden durch Johanniskrautöl negativ beeinflusst. Hin und wieder kann es sogar zu Magen-Darm-Beschwerden und Unruhe führen, obgleich es andererseits auch dagegen hilft. Die Wirkung und Nebenwirkung von Johanniskraut ist sehr individuell. Sicher ist aber, dass die Johanniskrautöl Wirkung für Erwachsene positiver ist als für Kinder. Vor allem Babys sollten nicht mit ätherischen Ölen behandelt werden.