Der Gewürznelkenbaum wuchs ursprünglich ausschließlich auf den Molukken. Die Bewohner dieser auch als Gewürzinseln bekannten Inselgruppe brachten die Gewürznelke schon vor mehr als 2000 Jahren nach China, so dass die Nelke sich schon vor Jahrhunderten einen Platz als Gewürz und Arznei in der Chinesischen Medizin erobern konnte. Schon im ersten Jahrhundert kannten die Römer ein Gewürz, das sie „Caryophyllon“ nannten. In der Antike waren Nelken, wie viele exotische Gewürze, ein kostbares und seltenes Gut und nur den oberen Gesellschaftsschichten vorbehalten.
Im Mittelalter kaute man Gewürznelken zum Schutz vor Pest und Cholera. Hildegard von Bingen empfahl Nelken gegen Kopfschmerzen, Gicht und Wassersucht6. Außerdem schrieb sie der Nelke stimmungsaufhellende und nervenstärkende Eigenschaften zu. Paracelsus schätzte die positiven Effekte der Nelke auf das Verdauungssystem. Daneben verwendete er die Gewürzpflanze zur Stärkung und zur Linderung bei Geburtsschmerzen.
In der Neuzeit entbrannte ein heftiger Kampf um die Vorherrschaft auf den Molukken, die damals noch die einzige Quelle für kostbare Gewürze darstellten. Diesem Streit viel auch ein Großteil der Gewürznelkenbäume zum Opfer. Sie wurden gerodet und die Wurzeln entfernt. Der Anbau war streng kontrolliert und Verstöße dagegen standen unter Strafe. Erst gegen Ende des achtzehnten Jahrhunderts gelang es, einige Setzlinge außer Landes zu schaffen. Sie wurden auf der Insel La Réunion angesiedelt und bildeten den Ausgangspunkt für die Kultivierung der Gewürznelke auch außerhalb ihrer ursprünglichen Heimat. Heute werden Gewürznelken weltweit angebaut.