Wie viele ätherische Öle hat auch Eukalyptusöl Nebenwirkungen. Eukalyptusöl kann in seltenen Fällen Übelkeit, Erbrechen und Durchfall hervorrufen. Eukalyptusöl kann Leberenzyme aktivieren. Dadurch beschleunigt sich der Abbau von Fremdstoffen, auch Medikamenten, in der Leber. Die Wirksamkeit von Medikamenten kann dadurch herabgesetzt werden.
Bei Säuglingen und Kleinkindern unter drei Jahren darf Eukalyptusöl nicht in der Nähe der Atmungsorgane angewandt werden. Die Dämpfe können Atemnot verursachen. Daher kann Eukalyptus Kinder schwer belasten. Das gleiche gilt auch für Asthma-Patienten. Während der Schwangerschaft und Stillzeit sollte auf Eukalyptusöl verzichtet werden, weil das Öl über die Plazenta oder die Milch auf das Kind übertragen werden kann. Darum sollte Eukalyptus in der Schwangerschaft nicht angewandt werden.